Miškai

Didžiąją Žagarės regioninio parko ploto dalį užima miškai. Stambiausias miškų masyvas yra Žagarės miškas.

   Miškai ir kitos gamtinės teritorijos užima 66% Žagarės regioninio parko ploto. Tai vienas iš miškingiausių parkų šalyje. Parke pereinamos miškų stadijos ir krūmynai užima 568 ha, miškai 4154 ha, iš kurių: 615 ha – lapuočių miškas, 876 ha – spygliuočių miškas, 2663 ha – mišrus miškas. Pagal miškų administravimą regioninio parko teritorija priskirta VĮ Joniškio miškų urėdijos Žagarės ir Mikaičių girininkijoms.
   Didžioji dalis regioninio parko miškų priklauso Žagarės girininkijai. Girininkijos medynai yra aukštesnio boniteto, vyresni už urėdijos vidutinius, tačiau retesni. Minkštųjų lapuočių medynai girininkijoje sudaro didžiąją miškų dalį (52,6 %). Spygliuočiais apaugę 42,8 %, kietaisiais lapuočiais 4,6 % viso medynų žemės ploto. Spygliuočių medynuose dominuoja eglynai, kurie sudaro 36 % viso medynų ploto, minkštųjų lapuočių – beržynai (30 %). Žagarės miškas, anksčiau vadintas Veršių mišku, primena verpstę, ištįsusią šiaurės-pietų kryptimi. Miške vyrauja ąžuolyniniai eglynai, rytinėje masyvo dalyje daugiau auga pelkėtų miškų, kuriuose vyrauja juodalksniai. Iš pietų ir vakarų Žagarės mišką puslankiu juosia Linkuvos kalvagūbris, nuo kurio į šiaurės rytus plyti palaipsniui žemėjanti lengvai banguota lyguma. Minėti reljefo bruožai lemia apylinkių hidrografinio tinklo ypatumus. Šiaurinė parko dalis, Pabalių – Rukuižių apylinkės, pasižymi ryškesnėmis reljefo formomis. Nuo gilaus Švėtės slėnio, ties Pabaliais, vakarų kryptimi tęsiasi neaukštų žvyringų kalvelių virtinės, ant kurių auga pušynai, dažnai su antru eglės ardu arba eglynai su pušimi. Pažemėjimuose tarp kalvų susiformavę pelkinės augimvietės su beržu, drebule, baltalksniu. Pabalių botaninis draustinis, kuris su Rukuižių mišku sudaro vieną kompleksą, ir Žagarės ozas yra vertingi ne tik gamtiniu, bet ir rekreaciniu požiūriu – čia vyrauja poilsiui tinkami pušynai.
   Mikaičių girininkijoje esantis Mūšos tyrelio telmologinis draustinis prie regioninio parko prijungtas kaip sala. Mūšos tyrelį iš šiaurės ir rytų pusių supa dirbami laukai bei intensyviai naudojami durpynai, o iš vakarų ir pietų – dideli Girkančių ir Tyrelio miškai. Draustinio teritorijoje susiformavę pelkiniai žemutinio tipo gilūs durpiniai dirvožemiai, o iškylančiose mineralinio substrato salelėse – velėniniai glėjiški (silpnai permirkę) priesmėlio ant vidutinio priemolio dirvožemiai. Centrinėje Mūšos tyrelio dalyje plyti aukštapelkė, kur vyrauja gailiniai pušynai, auga paprastosios pušys, plaukuotieji ir karpotieji beržai, o apypelkio miške vyrauja vaivoro pušynai. Medžių arde vyrauja paprastosios pušys, o ant kupstų – mėlynės, bruknės ir paprastosios spanguolės. Pelkėje gausios Šiaurės Lietuvai būdingos fitocenozės su tekše. Mūšos tyrelio raistą supančiuose brandžiuose, vietomis užmirkusiuose miškuose vyrauja striepsninio eglyno (Melico nutantis-Piceetum alietis) bendrijos su paprastosiomis eglėmis, karpotaisiais beržais, paprastaisiais lazdynais, pirštuotosiomis ir gelsvomis viksvomis, nusvirusiomis striepsnėmis, karklavijais ir kitais augalais. Itin vertinga draustinio ornitofauna, užregistruota per 20 saugomų paukščių rūšių. Vertingiausios paukščiams teritorijos yra rytinėje ir pietinėje draustinio dalyse. 
   Regioninio parko miškai pasižymi didele biologine įvairove, ekologine ir ūkine verte bei stabilumu: aukšti vidutiniai taksaciniai rodikliai, nežymus introdukuotų rūšių plotas, daugiau kaip pusė medynų mišrūs, nemažai pelkinių augaviečių, daugiau kaip trečdalis plotų su gausiu traku, medynų amžiaus struktūra artima optimaliai, nemažai yra augaviečių su šalutiniais miško produktais.